Már a felkelés másnapján, március másodikán elhatározták a szabad szovjet-választások megtartását, új szakszervezeti választásokat is tartottak.  Megtörtént a szovjet-hatalom, a valódi értelemben vett proletár-diktatúra helyreállítása. A szovjetek delegátusai, akik rendszeresen összeültek és döntöttek a legfontosabb kérdésekben: a delegátusok kijelentették, hogy nem ismerik el a pétervári bolsevik hatalmat és szovjet-választásokra szólítottak fel az egész országban. Egy forradalmi napilap is napvilágot látott Izvesztyija néven.
Letartóztatták a helyi bolsevikokat, akik nem maradtak sokan: a legtöbbjük az eredeti lenini célkitűzésekhez ragaszkodva csatlakozott a kommünhöz, azaz hű maradt a „minden hatalmat a szovjeteknek!” jelszóhoz. Mindösszesen háromszáz letartóztatásra került sor, miközben majd 800 bolsevik állt át a kronstadti szovjetekhez. Maga a felkelést irányító Forradalmi Bizottság is egyharmad részben volt bolsevikokból állt.
Maga a pétervári Kommunista Párt eközben március ötödikén ultimátumot intézett a kronstadti munkásokhoz, közölve, hogy a felkelést „francia kémek” készítették elő, a felkelők követeléseit pedig az eszerek jobboldala és más reakciós erők diktálták. Sőt volt cárista tisztek összeesküvéséről beszéltek (külön pikantériát adott a dolognak, hogy azt a Kozlovszkij nevű volt cárista tisztet vádolták a felkelés szervezésvel, akit Trockij küldött a városba, akinek a találmánya volt a volt cárista, de a vörös oldalra átállt tisztek „használata”). Kronstadt megpróbálta ellensúlyozni az ellenforradalmi propagandát: „Világossá vált, hogy az orosz Kommunista Párt nem a munkások védelmezője, mint az magáról állítja: a munkások érdekei nem az ő érdekei. Megszerezvén a hatalmat egyetlen félelmük van: hogy eleveszítik azt - ezért, hogy semmilyen eszköztől nem riadnak vissza: rágalmak, erőszak, gyilkosságok, bosszú a felkelők pétervári családjával szemben. Itt, Kronstadtban mi vetettük el a harmadik forradalom magját, mely szét fogja törni a proletárok utolsó láncait és meg fogja nyitni az utat a szocialista kreativitás előtt. Erőszak, egyetlen egy csepp vér nélkül megtettük az első lépést. A munkások nem szeretik a vért, ha ontják is, azt is csak saját védelmükben teszik. A munkások és a parasztok nem állnak meg, maguk mögött hagyták a burzsoó rezsim parlamentjét, a kommunista diktatúrát, a Csekát és államkapitalizmusát is.”
Másrészről megpróbálták a lehetetlent: tárgyalni a bolsevikokkal.